6E - Une pacification brève & incertaine -
Le 17 août 1794, le général Alexandre Dumas (père de l'écrivain), est nommé commandant en chef de l’Armée de l'Ouest. Le 8 octobre il adresse un rapport au Comité de Salut Public dans lequel il dénonce les conditions et les exactions de la guerre civile et demande à être relevé de son commandement.
Sous la Convention thermidorienne, les Représentants en Mission Bollet, Boursault & Ruelle, comme les nouveaux chefs militaires, Hoche en Bretagne & Canclaux en Vendée, passent à une politique de clémence, les prisonniers étant relâchés & les insoumis amnistiés. Les 24 septembre & 13 octobre 1794 une amnistie est promise aux rebelles d'Ille-et-Vilaine & du Morbihan qui se rendraient dans les 10 jours. Par le décret du 2 décembre, l'amnistie est étendue aux rebelles qui se soumettraient dans le délai d'un mois et les Représentants en Mission sont autorisés par la Convention à négocier avec les chefs royalistes.
Le 23 décembre 1794, de laborieuses négociations sont entamées entre Charette et les commissaires de la Convention Bureau-Batardière & Blin. Le 17 février 1795, un accord de paix est conclu au manoir de La Jaunaye, près de Nantes, aux termes duquel l'amnistie est accordée aux rebelles, y compris à ceux portés sur la liste des émigrés, qui sont rétablis dans leurs biens ou indemnisés, les Vendéens étant dispensés de levées militaires, leurs armes laissées après le retrait des troupes républicaines, la liberté de culte accordée. Charette signe le traité, mais pas Stofflet qui n'arrive d'ailleurs à La Jaunaye que le lendemain et qui, le 28 janvier 1795, au cours des négociations, Stofflet avait demandé le rétablissement du trône dans un manifeste contresigné par l’abbé Bernier.
Le traité signé le 20 avril 1795 au manoir de la Mabilais (non loin du château de La Prévalaye où étaient hébergés alors les négociateurs chouans & royalistes), près de Rennes, accorde ces mêmes bénéfices aux chouans.
Mais dans le même temps, les opérations militaires républicaines reprennent en Vendée où Charette tient le Marais, Sapinaud le Bocage & Stofflet les Mauges. Au moyen de colonnes mobiles, Canclaux harcèle les bandes royalistes, parvient à isoler Stofflet & de Charette, alors que Hoche organise une contre-guérilla efficace pour combattre la chouannerie.
L'offensive en direction de la Loire menée par Stofflet, comme sa tentative de levée de troupes, sont un échec, ses faibles forces étant repoussées le 18 mars 1795 à Chalonnes-sur-Loire, puis le 22 mars à Saint-Florent-le-Vieil, les Républicains s'emparant même quelques jours plus tard de l'arsenal de l'Armée d'Anjou. Abandonnés par la plupart de ses hommes, Stofflet se réfugie dans la forêt de Maulévrier. Le 26 mars 1795, il demande une trêve et signe la paix à Varades le 5 mai 1795.
L'insécurité demeure cependant, des insurgés armés menant dans de nombreuses régions la chasse aux patauds (les patriotes), les Républicains étant victimes de vexations et de brutalités, volés, voire assassinés lors de règlements de compte. Dans de nombreuses municipalités rurales entre les mains des royalistes, le retour des patriotes réfugiés dans les villes est interdit, y compris par l'usage de la force.