6H - La Troisième Guerre de Vendée (1799-1800) -
Vaincus militairement, les Royalistes tentent de prendre le pouvoir par les élections. En avril 1797, la droite royaliste obtient la majorité lors du renouvellement du Conseil des Cinq-Cents et du Conseil des Anciens. Les Conseils abrogent alors les lois relatives aux émigrés et aux prêtres réfractaires. Mais le 4 septembre 1797, 3 des 5 Directeurs, Reubell, La Reveillère-Lépeaux & Barras organisent un coup d'État soutenus par l'Armée commandée par Hoche & Augereau. Les résultats de l'élection sont annulés dans 49 départements, notamment dans l'Ouest, les prêtres réfractaires sont de nouveau poursuivis. Des paysans commencent à reprendre les armes.
En 1799, les défaites militaires de la République conduisent à de nouvelles levées d'hommes et au vote de la loi des otages du 24 messidor an VII {nobles, parents d'émigrés & ascendants des présumés coupables d'assassinats politiques ou d'émeutes}, autant de mesures qui incitent les chefs chouans à relancer l'insurrection. Le 14 septembre 1799, 200 chefs chouans et vendéens se réunissent au château de la Jonchère, près de Pouancé. Suzanet succède à Charette à la tête de l'Armée du Bas-Poitou et du Pays de Retz, à l'ouest de la Vendée et au sud de la Loire-Inférieure, Sapinaud reprend son commandement de l'Armée du Centre, et Charles d'Autichamp succède à Stofflet à la tête de l'Armée d'Anjou. Face à eux, l'Armée républicaine d'Angleterre, placée sous le commandement du général Michaud, ne compte alors que 16 000 soldats dans tout l'ouest, la zone vendéenne étant sous les ordres du général Travot.
Mais les offensives vendéennes échouent : Suzannet et ses 3 000 hommes sont repoussés au cours de la troisième bataille de Montaigu le 29 octobre 1799. Charles d'Autichamp et ses 6 à 8 000 hommes, après avoir attaqué avec succès le 2 novembre un détachement républicain contraint de trouver refuge dans l'église de Nueil-les-Aubiers, sont repoussés le 4 novembre au cours de la bataille des Aubiers par le général Dufresse, arrivé en renfort avec seulement 600 hommes. Dans le Centre, si l'émigré Grigon, qui a supplanté Sapinaud, remporte la bataille de La Flocellière le 14 novembre, il est battu et tué le 18 novembre au cours de celle de Chambretaud.
La guerre s'interrompt à la suite de l'annonce du coup d'État du 18 brumaire an VIII (9 novembre 1799). Le 15 novembre, le général Gabriel d'Hédouville prend le commandement de l'Armée d'Angleterre et dès le 9 décembre ouvre à Pouancé des négociations auprès des officiers royalistes. Nonobstant la division des généraux royalistes, ils optent pour une suspension d'armes.
Napoléon Bonaparte, désormais Premier Consul, proclame la liberté religieuse et détache 30 000 hommes des frontières pour le maintien de l'ordre dans l'Ouest. Le 16 janvier, Hédouville est remplacé par Guillaume Brune à la tête de l'Armée d'Angleterre, qui redevient à nouveau l'Armée de l'Ouest. Face à de telles forces, les chefs vendéens, Suzannet, d'Autichamp & Sapinaud signent à Montfaucon le 18 janvier 1800 le Traité de paix scellant la pacification de la Vendée.